Jeg vil sige learn by doing er den bedste løsning. Det i hvert fald hvordan jeg fik det under neglene. Hvis du mangler inspiration kan du lege med LAMP, LEMP, etc.
Vil nok sige du bare skal finde noget du har lyst til at lave, som involverer hele Linux/UNIX miljøet og gøre det. Et eller andet projekt du vil køre, det kunne være på en Raspberry Pi, eller noget i den stil. Så lærer du det hurtigt.